Barranquilla cuenta con un importante puerto marítimo y fluvial, tercero en importancia por volumen de carga en el país. El terminal marítimo y fluvial es administrado, operado y comercializado por la privada Sociedad Portuaria Regional de Barranquilla. La Sociedad Portuaria del Norte presta servicios portuarios y logísticos multipropósito como terminal marítimo y fluvial. El tráfico a través del puerto de Barranquilla es regulado por la Capitanía de Puerto de Barranquilla, adscrita a la Dirección General Marítima, la cual tiene a su cargo la dirección, coordinación y control de las actividades marítimas como arribos, zarpes, situación de naves, seguridad, trámite de licencias, anuncios, entre otras.
El puerto de Barranquilla está ubicado sobre la orilla occidental del río Magdalena. Posee las instalaciones portuarias más extensas de Colombia, utiliza poco más de 200 ha integradas al servicio del comercio exterior del país. Este, con su variedad de terminales, es el puerto multipropósito más importante de la Región Caribe con capacidad para contenedores, graneles, carbón y carga general.
La Sociedad Portuaria Regional de Barranquilla tiene la concesión del terminal marítimo y fluvial desde el 13 de diciembre de 1993, por aprobación de la ley 1a. o Ley de Puertos de la Constitución Política de 1991 en la cual se determina que la administración de todos los puertos nacionales que estaban a cargo de Colpuertos fuese manejada por el sector privado.[151]
Sobre la margen izquierda del río Magdalena opera la Sociedad Portuaria del Norte, primer muelle privado multipropósito del puerto de Barranquilla.[152]
El acceso al puerto se hace por el canal navegable de las Bocas de Ceniza, el cual, como toda desembocadura de río, presenta la formación de la barra (gran banco de arena y sedimentos que tapona la entrada de los buques), por lo que requiere de un mantenimiento permanente que consiste en el dragado de los sedimentos para asegurar la entrada y el arribo seguro de las naves. Para la eliminación de la barra y asegurar la navegabilidad del canal, se construyeron los tajamares de Bocas de Ceniza en 1936; en los años 90 se construyó un dique direccional y, para el control de sedimentos, la Sociedad Portuaria Regional de Barranquilla adquirió en concesión la draga «La Arenosa», la cual opera bajo contrato con el gobierno, garantizando el calado operacional del canal navegable del Puerto de Barranquilla, punto de asiento de los terminales privados y públicos de la ciudad.
